Package org.jmol.api

Interface JmolRendererInterface

    • Method Summary

      All Methods Instance Methods Abstract Methods 
      Modifier and Type Method Description
      void addRenderer​(int tok)  
      boolean checkTranslucent​(boolean isAlphaTranslucent)  
      void drawAtom​(Atom atom, float radius)  
      void drawBond​(javajs.util.P3 atomA, javajs.util.P3 atomB, short colixA, short colixB, byte endcaps, short mad, int bondOrder)  
      void drawDashedLineBits​(int run, int rise, javajs.util.P3 screenA, javajs.util.P3 screenB)  
      boolean drawEllipse​(javajs.util.P3 ptAtom, javajs.util.P3 ptX, javajs.util.P3 ptY, boolean fillArc, boolean wireframeOnly)  
      void drawFilledCircle​(short colixRing, short colixFill, int diameter, int x, int y, int z)
      draws a ring and filled circle (halos, draw CIRCLE, draw handles)
      void drawHermite4​(int tension, javajs.util.P3 s0, javajs.util.P3 s1, javajs.util.P3 s2, javajs.util.P3 s3)  
      void drawHermite7​(boolean fill, boolean border, int tension, javajs.util.P3 s0, javajs.util.P3 s1, javajs.util.P3 s2, javajs.util.P3 s3, javajs.util.P3 s4, javajs.util.P3 s5, javajs.util.P3 s6, javajs.util.P3 s7, int aspectRatio, short colixBack)  
      void drawImage​(java.lang.Object image, int x, int y, int z, int zslab, short bgcolix, int width, int height)  
      void drawLine​(short colixA, short colixB, int x1, int y1, int z1, int x2, int y2, int z2)  
      void drawLineAB​(javajs.util.P3 pointA, javajs.util.P3 pointB)  
      void drawLineBits​(short colixA, short colixB, javajs.util.P3 pointA, javajs.util.P3 pointB)  
      void drawLineXYZ​(int x1, int y1, int z1, int x2, int y2, int z2)  
      void drawPixel​(int x, int y, int z)  
      void drawPoints​(int count, int[] coordinates, int scale)  
      void drawRect​(int x, int y, int z, int zSlab, int rWidth, int rHeight)
      draws a rectangle
      void drawString​(java.lang.String str, javajs.awt.Font font3d, int xBaseline, int yBaseline, int z, int zSlab, short bgColix)
      draws the specified string in the current font.
      void drawStringNoSlab​(java.lang.String str, javajs.awt.Font font3d, int xBaseline, int yBaseline, int z, short bgColix)
      draws the specified string in the current font.
      void drawSurface​(MeshSurface meshSurface, short colix)  
      void drawTriangle3C​(javajs.util.P3i screenA, short colixA, javajs.util.P3i screenB, short colixB, javajs.util.P3i screenC, short colixC, int check)  
      void fillConeScreen3f​(byte endcap, int screenDiameter, javajs.util.P3 screenBase, javajs.util.P3 screenTip, boolean isBarb)  
      void fillCylinder​(byte endcaps, int diameter, javajs.util.P3i screenA, javajs.util.P3i screenB)  
      void fillCylinderBits​(byte endcaps, int diameter, javajs.util.P3 screenA, javajs.util.P3 screenB)  
      void fillCylinderBits2​(short colixA, short colixB, byte endcaps, int diameter, javajs.util.P3 screenA, javajs.util.P3 screenB)  
      void fillCylinderScreen3I​(byte endcaps, int diameter, javajs.util.P3 s0f, javajs.util.P3 s1f, javajs.util.P3 pt0f, javajs.util.P3 pt1f, float radius)  
      void fillCylinderXYZ​(short colixA, short colixB, byte endcaps, int diameter, int xA, int yA, int zA, int xB, int yB, int zB)  
      void fillEllipsoid​(javajs.util.P3 center, javajs.util.P3[] points, int x, int y, int z, int diameter, javajs.util.M3 mToEllipsoidal, double[] coef, javajs.util.M4 mDeriv, int selectedOctant, javajs.util.P3[] octantPoints)  
      void fillHermite​(int tension, int diameterBeg, int diameterMid, int diameterEnd, javajs.util.P3 s0, javajs.util.P3 s1, javajs.util.P3 s2, javajs.util.P3 s3)  
      void fillQuadrilateral​(javajs.util.P3 screenA, javajs.util.P3 screenB, javajs.util.P3 screenC, javajs.util.P3 screenD, boolean isSolid)  
      void fillSphereBits​(int diameter, javajs.util.P3 center)
      fills a solid sphere
      void fillSphereI​(int diameter, javajs.util.P3i center)
      fills a solid sphere
      void fillSphereXYZ​(int diameter, int x, int y, int z)
      fills a solid sphere
      void fillTextRect​(int x, int y, int z, int zSlab, int widthFill, int heightFill)
      fills background rectangle for label
      void fillTriangle3CN​(javajs.util.P3i screenA, short colixA, short normixA, javajs.util.P3i screenB, short colixB, short normixB, javajs.util.P3i screenC, short colixC, short normixC)  
      void fillTriangle3CNBits​(javajs.util.P3 pA, short colixA, short nA, javajs.util.P3 pB, short colixB, short nB, javajs.util.P3 pC, short colixC, short nC, boolean twoSided)  
      void fillTriangle3f​(javajs.util.P3 screenA, javajs.util.P3 screenB, javajs.util.P3 screenC, boolean setNoisy)  
      void fillTriangle3i​(javajs.util.P3 screenA, javajs.util.P3 screenB, javajs.util.P3 screenC, javajs.util.T3 ptA, javajs.util.T3 ptB, javajs.util.T3 ptC, boolean doShade)  
      void fillTriangleTwoSided​(short normix, javajs.util.P3 a, javajs.util.P3 b, javajs.util.P3 c)  
      java.lang.String finalizeOutput()  
      java.lang.String getExportName()  
      int getExportType()  
      boolean haveTranslucentObjects()  
      java.lang.Object initializeExporter​(Viewer vwr, double privateKey, GData gdata, java.util.Map<java.lang.String,​java.lang.Object> params)  
      boolean initializeOutput​(Viewer vwr, double privateKey, java.util.Map<java.lang.String,​java.lang.Object> params)  
      boolean isWebGL()  
      void plotImagePixel​(int argb, int x, int y, int z, byte shade, int bgargb, int width, int height, int[] zbuf, java.lang.Object pixel, int transpLog)  
      void plotPixelClippedP3i​(javajs.util.P3i a)  
      void renderBackground​(JmolRendererInterface jre)  
      void renderCrossHairs​(int[] minMax, int screenWidth, int screenHeight, javajs.util.P3 navigationOffset, float navigationDepthPercent)  
      boolean setC​(short colix)
      sets current color from colix color index
      void volumeRender​(boolean TF)  
      void volumeRender4​(int diam, int x, int y, int z)  
    • Method Detail

      • addRenderer

        void addRenderer​(int tok)
      • checkTranslucent

        boolean checkTranslucent​(boolean isAlphaTranslucent)
      • drawAtom

        void drawAtom​(Atom atom,
                      float radius)
      • drawBond

        void drawBond​(javajs.util.P3 atomA,
                      javajs.util.P3 atomB,
                      short colixA,
                      short colixB,
                      byte endcaps,
                      short mad,
                      int bondOrder)
      • drawDashedLineBits

        void drawDashedLineBits​(int run,
                                int rise,
                                javajs.util.P3 screenA,
                                javajs.util.P3 screenB)
      • drawEllipse

        boolean drawEllipse​(javajs.util.P3 ptAtom,
                            javajs.util.P3 ptX,
                            javajs.util.P3 ptY,
                            boolean fillArc,
                            boolean wireframeOnly)
      • drawFilledCircle

        void drawFilledCircle​(short colixRing,
                              short colixFill,
                              int diameter,
                              int x,
                              int y,
                              int z)
        draws a ring and filled circle (halos, draw CIRCLE, draw handles)
        Parameters:
        colixRing -
        colixFill -
        diameter -
        x - center x
        y - center y
        z - center z
      • drawHermite4

        void drawHermite4​(int tension,
                          javajs.util.P3 s0,
                          javajs.util.P3 s1,
                          javajs.util.P3 s2,
                          javajs.util.P3 s3)
      • drawHermite7

        void drawHermite7​(boolean fill,
                          boolean border,
                          int tension,
                          javajs.util.P3 s0,
                          javajs.util.P3 s1,
                          javajs.util.P3 s2,
                          javajs.util.P3 s3,
                          javajs.util.P3 s4,
                          javajs.util.P3 s5,
                          javajs.util.P3 s6,
                          javajs.util.P3 s7,
                          int aspectRatio,
                          short colixBack)
      • drawImage

        void drawImage​(java.lang.Object image,
                       int x,
                       int y,
                       int z,
                       int zslab,
                       short bgcolix,
                       int width,
                       int height)
      • drawLine

        void drawLine​(short colixA,
                      short colixB,
                      int x1,
                      int y1,
                      int z1,
                      int x2,
                      int y2,
                      int z2)
      • drawLineAB

        void drawLineAB​(javajs.util.P3 pointA,
                        javajs.util.P3 pointB)
      • drawLineXYZ

        void drawLineXYZ​(int x1,
                         int y1,
                         int z1,
                         int x2,
                         int y2,
                         int z2)
      • drawPixel

        void drawPixel​(int x,
                       int y,
                       int z)
      • drawPoints

        void drawPoints​(int count,
                        int[] coordinates,
                        int scale)
      • drawRect

        void drawRect​(int x,
                      int y,
                      int z,
                      int zSlab,
                      int rWidth,
                      int rHeight)
        draws a rectangle
        Parameters:
        x - upper left x
        y - upper left y
        z - upper left z
        zSlab - z for slab check (for set labelsFront)
        rWidth - pixel count
        rHeight - pixel count
      • drawString

        void drawString​(java.lang.String str,
                        javajs.awt.Font font3d,
                        int xBaseline,
                        int yBaseline,
                        int z,
                        int zSlab,
                        short bgColix)
        draws the specified string in the current font. no line wrapping -- axis, labels, measures
        Parameters:
        str - the String
        font3d - the Font3D
        xBaseline - baseline x
        yBaseline - baseline y
        z - baseline z
        zSlab - z for slab calculation
        bgColix - TODO
      • drawStringNoSlab

        void drawStringNoSlab​(java.lang.String str,
                              javajs.awt.Font font3d,
                              int xBaseline,
                              int yBaseline,
                              int z,
                              short bgColix)
        draws the specified string in the current font. no line wrapping -- echo, frank, hover, molecularOrbital, uccage
        Parameters:
        str - the String
        font3d - the Font3D
        xBaseline - baseline x
        yBaseline - baseline y
        z - baseline z
        bgColix - TODO
      • drawSurface

        void drawSurface​(MeshSurface meshSurface,
                         short colix)
      • drawTriangle3C

        void drawTriangle3C​(javajs.util.P3i screenA,
                            short colixA,
                            javajs.util.P3i screenB,
                            short colixB,
                            javajs.util.P3i screenC,
                            short colixC,
                            int check)
      • fillConeScreen3f

        void fillConeScreen3f​(byte endcap,
                              int screenDiameter,
                              javajs.util.P3 screenBase,
                              javajs.util.P3 screenTip,
                              boolean isBarb)
      • fillCylinder

        void fillCylinder​(byte endcaps,
                          int diameter,
                          javajs.util.P3i screenA,
                          javajs.util.P3i screenB)
      • fillCylinderBits

        void fillCylinderBits​(byte endcaps,
                              int diameter,
                              javajs.util.P3 screenA,
                              javajs.util.P3 screenB)
      • fillCylinderScreen3I

        void fillCylinderScreen3I​(byte endcaps,
                                  int diameter,
                                  javajs.util.P3 s0f,
                                  javajs.util.P3 s1f,
                                  javajs.util.P3 pt0f,
                                  javajs.util.P3 pt1f,
                                  float radius)
      • fillCylinderBits2

        void fillCylinderBits2​(short colixA,
                               short colixB,
                               byte endcaps,
                               int diameter,
                               javajs.util.P3 screenA,
                               javajs.util.P3 screenB)
      • fillCylinderXYZ

        void fillCylinderXYZ​(short colixA,
                             short colixB,
                             byte endcaps,
                             int diameter,
                             int xA,
                             int yA,
                             int zA,
                             int xB,
                             int yB,
                             int zB)
      • fillEllipsoid

        void fillEllipsoid​(javajs.util.P3 center,
                           javajs.util.P3[] points,
                           int x,
                           int y,
                           int z,
                           int diameter,
                           javajs.util.M3 mToEllipsoidal,
                           double[] coef,
                           javajs.util.M4 mDeriv,
                           int selectedOctant,
                           javajs.util.P3[] octantPoints)
      • fillHermite

        void fillHermite​(int tension,
                         int diameterBeg,
                         int diameterMid,
                         int diameterEnd,
                         javajs.util.P3 s0,
                         javajs.util.P3 s1,
                         javajs.util.P3 s2,
                         javajs.util.P3 s3)
      • fillQuadrilateral

        void fillQuadrilateral​(javajs.util.P3 screenA,
                               javajs.util.P3 screenB,
                               javajs.util.P3 screenC,
                               javajs.util.P3 screenD,
                               boolean isSolid)
      • fillTextRect

        void fillTextRect​(int x,
                          int y,
                          int z,
                          int zSlab,
                          int widthFill,
                          int heightFill)
        fills background rectangle for label

        Parameters:
        x - upper left x
        y - upper left y
        z - upper left z
        zSlab - z value for slabbing
        widthFill - pixel count
        heightFill - pixel count
      • fillSphereBits

        void fillSphereBits​(int diameter,
                            javajs.util.P3 center)
        fills a solid sphere
        Parameters:
        diameter - pixel count
        center - a javax.vecmath.Point3f ... floats are casted to ints
      • fillSphereI

        void fillSphereI​(int diameter,
                         javajs.util.P3i center)
        fills a solid sphere
        Parameters:
        diameter - pixel count
        center - javax.vecmath.Point3i defining the center
      • fillSphereXYZ

        void fillSphereXYZ​(int diameter,
                           int x,
                           int y,
                           int z)
        fills a solid sphere
        Parameters:
        diameter - pixel count
        x - center x
        y - center y
        z - center z
      • fillTriangle3CN

        void fillTriangle3CN​(javajs.util.P3i screenA,
                             short colixA,
                             short normixA,
                             javajs.util.P3i screenB,
                             short colixB,
                             short normixB,
                             javajs.util.P3i screenC,
                             short colixC,
                             short normixC)
      • fillTriangle3f

        void fillTriangle3f​(javajs.util.P3 screenA,
                            javajs.util.P3 screenB,
                            javajs.util.P3 screenC,
                            boolean setNoisy)
      • fillTriangle3i

        void fillTriangle3i​(javajs.util.P3 screenA,
                            javajs.util.P3 screenB,
                            javajs.util.P3 screenC,
                            javajs.util.T3 ptA,
                            javajs.util.T3 ptB,
                            javajs.util.T3 ptC,
                            boolean doShade)
      • fillTriangleTwoSided

        void fillTriangleTwoSided​(short normix,
                                  javajs.util.P3 a,
                                  javajs.util.P3 b,
                                  javajs.util.P3 c)
      • finalizeOutput

        java.lang.String finalizeOutput()
      • getExportName

        java.lang.String getExportName()
      • isWebGL

        boolean isWebGL()
      • getExportType

        int getExportType()
      • haveTranslucentObjects

        boolean haveTranslucentObjects()
      • initializeExporter

        java.lang.Object initializeExporter​(Viewer vwr,
                                            double privateKey,
                                            GData gdata,
                                            java.util.Map<java.lang.String,​java.lang.Object> params)
      • initializeOutput

        boolean initializeOutput​(Viewer vwr,
                                 double privateKey,
                                 java.util.Map<java.lang.String,​java.lang.Object> params)
      • plotImagePixel

        void plotImagePixel​(int argb,
                            int x,
                            int y,
                            int z,
                            byte shade,
                            int bgargb,
                            int width,
                            int height,
                            int[] zbuf,
                            java.lang.Object pixel,
                            int transpLog)
      • plotPixelClippedP3i

        void plotPixelClippedP3i​(javajs.util.P3i a)
      • renderCrossHairs

        void renderCrossHairs​(int[] minMax,
                              int screenWidth,
                              int screenHeight,
                              javajs.util.P3 navigationOffset,
                              float navigationDepthPercent)
      • setC

        boolean setC​(short colix)
        sets current color from colix color index
        Parameters:
        colix - the color index
        Returns:
        true or false if this is the right pass
      • volumeRender

        void volumeRender​(boolean TF)
      • volumeRender4

        void volumeRender4​(int diam,
                           int x,
                           int y,
                           int z)
      • fillTriangle3CNBits

        void fillTriangle3CNBits​(javajs.util.P3 pA,
                                 short colixA,
                                 short nA,
                                 javajs.util.P3 pB,
                                 short colixB,
                                 short nB,
                                 javajs.util.P3 pC,
                                 short colixC,
                                 short nC,
                                 boolean twoSided)
      • drawLineBits

        void drawLineBits​(short colixA,
                          short colixB,
                          javajs.util.P3 pointA,
                          javajs.util.P3 pointB)