18 #include "BaseAsciiMap.h" 37 "\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005" 38 "\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005" 39 "\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\004\005" 40 "\000\001\002\003\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005" 41 "\005\000\005\001\005\005\005\002\005\005\005\005\005\005\004\005" 42 "\005\005\005\005\003\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005" 43 "\005\000\005\001\005\005\005\002\005\005\005\005\005\005\004\005" 44 "\005\005\005\005\003\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005" 46 "\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005" 47 "\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005" 48 "\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005" 49 "\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005" 50 "\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005" 51 "\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005" 52 "\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005" 53 "\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005" 59 "\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005" 60 "\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005" 61 "\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005" 62 "\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005" 63 "\005\000\005\001\005\005\005\002\005\005\005\005\005\005\004\005" 64 "\005\005\005\005\003\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005" 65 "\005\000\005\001\005\005\005\002\005\005\005\005\005\005\004\005" 66 "\005\005\005\005\003\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005" 68 "\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005" 69 "\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005" 70 "\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005" 71 "\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005" 72 "\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005" 73 "\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005" 74 "\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005" 75 "\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005" 81 "\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005" 82 "\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005" 83 "\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\004\005" 84 "\000\001\002\003\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005" 85 "\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005" 86 "\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005" 87 "\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005" 88 "\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005" 90 "\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005" 91 "\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005" 92 "\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005" 93 "\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005" 94 "\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005" 95 "\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005" 96 "\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005" 97 "\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005" 137 BaseAsciiMap::BaseAsciiMap()
138 : myNumPrimerBases(1)
140 myBase2IntMapPtr = NULL;
143 BaseAsciiMap::~BaseAsciiMap()
static const char int2base[]
Convert from int representation to the base.
static unsigned char base2int[256+1]
Map ASCII values to a 2 (or 3) bit encoding for the base pair value for just base space (ACTGNactgn)...
static unsigned char baseColor2int[256+1]
Map ASCII values to a 2 (or 3) bit encoding for the base pair value for both base and color space...
static unsigned char color2int[256+1]
Map ASCII values to a 2 (or 3) bit encoding for the base pair value for just color space (0123)...
static unsigned char base2complement[]
This table maps 5' base space to the 3' complement base space values, as well as 5' color space value...
static const char int2colorSpace[]
Convert from int representation to colorspace representation.