Interface Msa

    • Method Detail

      • getIdentifier

        java.lang.String getIdentifier​(int row)
      • setIdentifier

        void setIdentifier​(int row,
                           java.lang.String identifier)
      • getLength

        int getLength()
      • getNumberOfSequences

        int getNumberOfSequences()
      • getResidueAt

        char getResidueAt​(int row,
                          int col)
      • isGapAt

        boolean isGapAt​(int row,
                        int col)
      • getColumnAt

        java.util.List<java.lang.Character> getColumnAt​(int col)
      • getSequenceAsString

        java.lang.StringBuffer getSequenceAsString​(int row)
      • setResidueAt

        void setResidueAt​(int row,
                          int col,
                          char residue)
      • write

        void write​(java.io.Writer w,
                   Msa.MSA_FORMAT format)
            throws java.io.IOException
        Throws:
        java.io.IOException